بمكرمة من صاحب السمو الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان رئيس الدولة - حفظه الله - تقوم وزارة الأشغال العامة بتنفيذ مشروع مسجد الشيخ زايد بالفجيرة. بناء على توجيهات ومتابعة من معالي الشيخ حمدان بن مبارك ال نهيان وزير الأشغال العامة، وقد بلغت نسبة الانجاز الفعلية للمشروع 30.2% وتبلغ قيمة المشروع 190 مليونا و500 ألف درهم وقد صمم وفق أحدث المواصفات العالمية في التصميم والبناء.
وتبلغ مساحة البناء الكلية للمشروع 38.580.84 م2 ويتكون المبنى الرئيسي وهو المسجد الكبير المصمم على الطراز الإسلامي العثماني من طابقين أحدهما تحت الأرض وفيه مصلى للنساء، وقاعة متعددة الأغراض، وأماكن الوضوء للرجال والنساء، وكذلك بعض الغرف الخدمية، بينما يحتوي الطابق الأرضي على قاعة الصلاة الرئيسة والفناء الرئيس للمسجد المحاط بأربعة أروقة من جميع جوانبه تعلوها 35 قبة صغيرة، وهناك 6 منارات بارتفاعات تتراوح بين 80 و100 متر.
وتبلغ قدرة المسجد الاستيعابية 28.000 مصلي منهم 11.840 داخل قاعة مسجد الرجال في الطابق الارضي و13.750 مصلي في الفناء الخارجي وكذلك 2.500 للنساء داخل قاعة مصلى النساء في الطابق السفلي، بالإضافة إلى المواضئ الداخلية والخارجية ومبنى الخدمات الذي يحتوي على محطة تبريد المياه وغرف المحولات والكهرباء.يذكر انه بدئ العمل بالمشروع بتاريخ 9/5/2010 ومتوقع الانتهاء منه في 17/7/.