أجمعت الروايات على انه أول مسجد تم تشييده في الخرطوم ارتبط باسم مؤسسه الذي أنشأه في العاصمة السودانية الحالية مدينة الخرطوم، ففي عام 1691 الموافق للقرن الحادي عشر الهجري, عبر الشيخ احمد بن علي بن العون الشهير بأرباب العقائد نهر النيل الازرق قادما من جزيرة توتي التي تتوسط مدن الخرطوم الثلاث الخرطوم - ام درمان - بحري وقام بتهيئة مكان على الضفة الغربية للنيل وشيد فيها مسجدا من الطين وأقام عليه الخلاوى لتحفيظ القرآن والعلوم الشرعية, وهو الموقع الحالي لجامع الملك فاروق. ولم تكن حينها مدينة الخرطوم قد ظهرت على الوجود.
وكانت هذه المنطقة تسمى بـحلة أرباب العقائد على اسم الشيخ المؤسس، وكان لتلاميذ الشيخ ارباب العقائد الدور الكبير في تأسيس مدن الخرطوم الثلاث حيث شهد القرن الحادي عشر الهجري ظهور أول دولة اسلامية في السودان وهي دولة الفونج وعاصمتها سنار، وبحسب مخطوطة عثرت عليها البيانمن أحد خلفاء الشيخ أرباب العقائد وهو الشيخ الصديق الشيخ محمد مالك القاضي , فان الرحالة الفرنسي الشهير ويطلق عليه اسم كايو, قد ذكر انه وعند وصوله الى مقرن النيلين رأى من على البعد حلة أي قرية, فسأل عنها فقيل له انها حلة ارباب العقائد وهي الخرطوم اليوم.
وقد ظل مسجد الشيخ أرباب العقائد قبلة يستقبل طلاب العلم من جميع انحاء السودان وغرب افريقيا .الى ان جاء قدوم الحاكم التركي محمد بك الدفتردار منتقما على مقتل صهره اسماعيل بن محمد علي باشا في بدايات عام 1823م حيث شن حملته الانتقامية ضد سكان النيل وخرب ديارهم وهدم الدفتردار مسجد أرباب العقائد ,وقتل العلماء فيه، ثم جاء بعد ذلك الحاكم التركي خورشيد باشا , أبان الحكم التركي المصري حيث قام بتوسيع المسجد.
وعند دخول الإمام محمد أحمد المهدي إلى الخرطوم فاتحاً في عام 1885, صلى أول جمعة له بالخرطوم في مسجد أرباب العقائد غير ان المهدي عندما اراد الرحيل إلى عاصمته امدرمان ,قام بهدم مسجد أرباب العقائد في الخرطوم حتى يستقطب الناس معه إلى دعوته والهجرة معه إلى ام درمان. وفي عام 1898م عند دخول القوات الانجليزية الي الخرطوم في حملة بقيادة القائد الانجليزي كتشنر , واشتباكها مع قوات الامام المهدي في معركة ضارية بمنطقة كرري ,حاول تغيير المعالم الاسلامية لمدينة الخرطوم حيث قام بتشييد عدد من الكنائس بالقرب من مسجد أرباب العقائد واقتطع لها مساحات من المسجد.
وشهد عام 1953 ابان عهد الحكم الانجليزي المصري للسودان قيام الملك فاروق بن الملك فؤاد ملك مصر والسودان بتجديد مسجد أرباب العقائد وجعله يكتسب ملمحا عصريا يتمثل في شكله الحالي ,الذي يحوي نقوشا اسلامية رائعة تمثل تحفة في فن المعمار الاسلامي الفاطمي حيث تم بناؤه بالحجر الرملي وحجر الجرانيت، واصبح مسجد أرباب العقائد الذي يتوسط مدينة الخرطوم ويتسع لـ800 مصل يعرف الآن بمسجد فاروق نسبة لمجدده الملك فاروق في طرازه الحالي.